强悍:不受突变株影响的新冠N抗体配对 ——你且千变万化,我有火眼金睛161
发表时间:2021-05-21 20:58 强悍:不受突变株影响的新冠N抗体配对 ——你且千变万化,我有火眼金睛
众所周知,SARS-CoV-2是一种RNA病毒,其基因组在复制过程中缺少纠错机制,因而比较容易产生突变。随着疫情的进展,全球已累计感染了超过1.6亿人,据估计实际感染人数应该远高于此。一个较高的突变率乘以巨大的感染人数,这显然提高了突变的概率。到目前为止,已鉴定出VOC(Variant of concern: variants for which there is evidence of an increase in transmissibility, more severe disease and or escape of neutralization by antibodies)突变5株,VOI(Variant of Interest: variants with specific genetic markers that have been associated with changes that may impact public health.)突变11株。其中,有我们既有我们耳熟能详的英国(B.1.1.7)、南非(B.1.351)、巴西(P.1)突变株,更有最近令人闻风丧胆的印度突变株(B.1.617)。 由于N蛋白在病毒内含量较高,因此各家的抗原检测试剂均是以N蛋白为标志物进行开发的。与2019年底开始流行的野生型相比,上述突变株的S-RBD都发生了较大的变化(见下表,数据来源https://viralzone.expasy.org/9556)。除此以外,其N,M,E和orfab1等基因也发生了诸多变化。以目前流行趋势最猛的印度突变株(B.1.617)为例,除了在RBD上出现了L452R和E484Q双突变外,其N基因也带有D377Y和R203M双突变。这些突变株的出现,显然会引起新冠抗原检测试剂厂家的担忧——这些突变点会不会正好落在自己的抗体配对内?这些突变究竟会对自己试剂的灵敏度产生什么样的影响?自己公司的试剂是不是可以检测出突变型病毒?
百新意近期推出的N配对抗体BN07及其改进型BN12(BN12是BN07的突变体,表位一致)/BN08表现惊艳,已被国内十几家大中型IVD公司选为生产原料(具体内容参见《后浪来了——新冠N抗原检测配对抗体“火眼”(BN07)和“金睛”(BN08)问世》、《百新意新冠N抗原检测配对抗体测评结果》)。在前期筛选过程中,我们已经验证了BN08的表位位于1-40位氨基酸之间,而BN07/BN12的表位则位于30-120位之间(ELISA图)。可见,上述突变列表中,仅有英国株B.1.1.7的D3L和巴西株P.1的P80R两个突变点在BN07与BN08的范围内。因此我们推测,BN07/BN12与BN08的配对,不会受到目前已知的大部分VOC和VOI突变株的影响。至于D3L和P80R两个突变,根据经验来看这两种氨基酸一般不易出现在抗原抗体结合表位上。
为了验证我们的推测,百新意研发团队构建了以下突变型N蛋白:包括T205I (对应B.1.351、B.1.427、B.1.429和B.1.214.2)和P80R(对应P.1)单突变,及D3L/S235F(对应B.1.1.7)与D377Y/R203M(对应B.1.617,即印度株)双突变株。如下图可见,由BN07/BN11/BN12与BN08配对组成的金标试纸条对野生型及各种突变型N蛋白的检出限完全一致,因此说明目前已知的突变点对我们的配对均无影响,大家尽可放心使用!
综上所述,BN07/BN12与BN08组成的配对不仅灵敏度登峰造极,而且还可用来检测目前全部的突变株而不受到其N蛋白突变的影响。这么好的配对,您还不换吗?退一步讲,如果您坚持不换,那至少应该用突变型N蛋白,测测自己的配对受不受影响吧?
咬定青山不放松,立根原在破岩中。 千磨万击还坚劲,任尔东西南北风。
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